Packages

• htsjdk.samtools
• htsjdk.samtools.apps
• htsjdk.samtools.cram
• htsjdk.samtools.cram.build
• htsjdk.samtools.cram.common
• htsjdk.samtools.cram.digest
• htsjdk.samtools.cram.encoding
• htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman
• htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.codec
• htsjdk.samtools.cram.encoding.rans
• htsjdk.samtools.cram.encoding.reader
• htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures
• htsjdk.samtools.cram.encoding.writer
• htsjdk.samtools.cram.io
• htsjdk.samtools.cram.lossy
• htsjdk.samtools.cram.ref
• htsjdk.samtools.cram.structure
• htsjdk.samtools.example
• htsjdk.samtools.fastq
• htsjdk.samtools.filter
• htsjdk.samtools.liftover
• htsjdk.samtools.metrics
• htsjdk.samtools.reference
• htsjdk.samtools.seekablestream
• htsjdk.samtools.sra
• htsjdk.samtools.util
• htsjdk.samtools.util.ftp
• htsjdk.samtools.util.zip
• htsjdk.tribble
• htsjdk.tribble.annotation
• htsjdk.tribble.bed
• htsjdk.tribble.example
• htsjdk.tribble.exception
• htsjdk.tribble.gelitext
• htsjdk.tribble.index
• htsjdk.tribble.index.interval
• htsjdk.tribble.index.linear
• htsjdk.tribble.index.tabix
• htsjdk.tribble.readers
• htsjdk.tribble.util
• htsjdk.tribble.util.popgen
• htsjdk.variant.bcf2
• htsjdk.variant.utils
• htsjdk.variant.variantcontext
• htsjdk.variant.variantcontext.filter
• htsjdk.variant.variantcontext.writer
• htsjdk.variant.vcf